Nasceu em Coimbra a 5 de janeiro de 1865, tendo nessa mesma cidade estudado no seu seminário diocesano, com vista à carreira eclesiástica. Lecionou no ensino particular enquanto aguardava a idade da ordenação ao presbitério católico, sendo nesta época que tem o primeiro contacto com os evangélicos, na cidade do Porto. Mais tarde, viria a frequentar em Lisboa o Curso Superior de Letras, concluindo com êxito o exame de Grego. Ordenado em 1887, ao regressar a Coimbra foi nomeado coadjutor da igreja de Santa Cruz, onde se destacou como pregador. Consta que um colportor da Sociedade Bíblica, natural dos Açores, aquando da sua estada em Coimbra, ofereceu uma Bíblia a um dos hóspedes do local em que se instalara, o qual não pretendendo ficar com a mesma a ofereceu à dona da hospedaria; esta por sua vez acabaria por entregá-la a Joaquim dos Santos Figueiredo para a queimar. Não o tendo feito, o presbítero católico passou a analisá-la no intuito de procurar as diferenças de tradução. Republicano convicto, os seus escritos na imprensa coimbrã mereceram a censura do seu bispo que o convidou a retratar-se. Recusando a invetiva, despediu-se dos seus leitores, renunciado ao húmus sacerdotal e abjurando do catolicismo romano, a 28 de fevereiro de 1892. No mesmo ano, regressou ao Porto na perspetiva de voltar a dedicar-se ao ensino; porém, ao aderir aos metodistas, a 27 de março tornou-se pastor assistente da «Igreja do Mirante». Em 1894 transferiu-se para Lisboa, onde ficou a colaborar na igreja presbiteriana, que se reunia então no antigo convento dos Marianos. Tendo este edifício sido vendido à igreja lusitana quatro anos mais tarde, Santos Figueiredo, juntamente com outros membros da comunidade, acabaria por se integrar nesta igreja, tornando-se ministro na congregação de S. Paulo, em dezembro de 1898. Em maio de 1905, foi pela primeira vez nomeado presidente do sínodo nacional da igreja a que pertencia. Em 1922 tornou-se o primeiro bispo eleito da igreja lusitana, embora nunca tenha sido sagrado como tal. Foi ainda diretor do Colégio Evangélico Lusitano durante 38 anos e o primeiro presidente da Aliança Evangélica Portuguesa, desde as suas primeiras reuniões organizativas, em 1919, confirmado como tal na primeira sessão plenária desta instituição, em 1921, tendo cessado estas funções em 1925. Destacou-se no campo literário, desde os tempos de presbítero católico; mas foi já como pastor das igrejas metodista e presbiteriana que publicou sob o pseudónimo de J. S. Pereira do Lago e, passando para a igreja lusitana, como P. L., desde 1911, e como Paulo Lutero após 1922. Traduziu várias obras para a língua portuguesa, destacando-se o Dicionário Bíblico Universal, de Buckland, e História, Doutrina e Interpretação da Bíblia, de Joseph Angus. Colaborou regularmente em órgãos da imprensa evangélica como Portugal Novo, O Evangelista, O Bom Pastor, Luz e Verdade, Portugal Evangélico, sendo ainda diretor de O Cristão Lusitano. Foi casado desde 20 de abril de 1896 com Lavínia Augusta de Lemos. Faleceu em Lisboa a 18 de agosto de 1937.